故事发生在“第三次冲击”之后的荒废世界。碇真嗣从长期的自我封闭中苏醒，发现美里率领的WILLE组织正与NERV残党进行最后决战。明日香与绫波丽的克隆体丽·卡司覺陷入了存在主义危机。随着量产型EVA系列机的围攻，真嗣被迫再次驾驶初号机，进入负宇宙领域。在那里，他与父亲碇源堂进行了一场跨越时空的意识对话，揭开了“人类补完计划”背后的父权悲剧与个人执念。最终，真嗣在所有人的灵魂融合中做出了选择：拒绝成为神，接受痛苦与孤独，以“不完整的人类”身份活下去。所有EVA机体化为巨人消失在光中，世界重获选择未来的可能性。
庵野秀明以极具自毁与再生隐喻的方式，为长达二十多年的系列画上了残酷而温柔的句号。影片在意识流独白与毁天灭地的打斗间反复横跳，最后三十分钟的元叙事解构堪称神来之笔。这不是一部讨好观众的作品，而是一封写给所有受伤灵魂的告别情书。
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